تاریخچه یوگا در دوران تمدن دره سند است. تمرین‌ها و فلسفه‌های یوگا توسط ایندو انجام می‌شود تا رشد معنوی و آگاهی را برانگیزد. یوگی ها اتحاد درونی را با جیوا یا خود گذرا و با برهمن نامحدود یا خود ابدی ترویج می کنند. برهمن نامی است که هندوها از آن به معنای “خدا” استفاده می کردند.
یوگی ها معمولاً بر این باورند که خدا با تمام واقعیت وجود دارد و خود را به همه موجودات زنده ای که نفس می کشند، از انسان گرفته تا گیاهان و جانوران نشان می دهد. این باور را پانتئیسم می نامند که این دیدگاه است که همه چیز خداست. یوگا مشکل و رنج انسان را از منظر جهل می بیند. انسان ها به سادگی خود را به چیزهای مادی گره می زنند و فراموش می کنند که خدا را که منبع همه چیز است، بندگی کنند. به همین دلیل است که انسان ها به روشنگری یا تجربه اتحاد با خدا نیاز دارند.
اولین شواهد باستان‌شناسی وجود یوگا را نشان می‌دهد و می‌توان آن را در مهرهای سنگی حکاکی‌شده‌ای یافت که شکل‌هایی از موقعیت‌های یوگا را نشان می‌دهند. مهرهای سنگی وجود یوگا را در حدود 3000 سال قبل از میلاد نشان می‌دهند، با این حال، باستان‌شناسان و محققان دلایلی دارند که تصور می‌کنند یوگا مدت‌ها قبل از آن وجود داشته و ریشه‌های آن را در شمنیزم عصر حجر ردیابی کرده‌اند. هم شمنیزم و هم یوگا ویژگی های مشابهی دارند که عمدتاً در تلاش برای صیقل دادن وضعیت انسان در آن زمان است. هر دو روش به دنبال رفتار با اعضای جامعه هستند و تمرین‌کنندگان به‌عنوان واسطه‌های اصلی مذهبی یا گورو عمل می‌کنند.
تعدادی مهر استئاتیت در سایت‌های تمدن دره ایندوس کشف شد که چهره‌هایی را در یک موقعیت خاص یوگا توصیف می‌کردند. این وضعیت‌های مدیتیشن مانند، اشکالی از نظم و انضباط آیینی هستند که نشان‌دهنده مبتکر یوگا است. فیگورهای خاصی وجود دارد که در هسته بقایای هاراپاهای بالغ کشف شده است که نشان دهنده ارادت هاراپان به نظم و تمرکز آیینی است و اینکه ژست های یوگا ممکن است هم توسط انسان ها و هم خدایان آنها استفاده شده باشد. برخی از انواع پیوند بین مهرهای دره ایندوس و تمرین‌های یوگا و مدیتیشن بعدی توسط بسیاری از محققان دیگر پشتیبانی می‌شود.
این اکتشافات باستان شناسی به مردم اجازه می دهد تا با دلایل موجهی فکر کنند که طیف وسیعی از فعالیت های یوگا قبلاً توسط مردم هند پیش از آریایی پذیرفته شده بود. مهری که اخیراً در صحرای چولستان آشکار شده است ظاهراً یک “یوگی” را نشان می دهد. تصاویر مهر و موم گیج کننده دره سند، چهره هایی را در موقعیتی به نمایش می گذارند که در هاتا یوگا به عنوان مولابهانداسانا شناخته می شود. شناخته شده ترین این تصاویر مهر پاشوپاتی توسط جان مارشال نام داشت که این مصنوع را کشف کرد و معتقد بود که نشان دهنده یک شخصیت “پرتو-شیوا” است.
پیدایش اوپانیشادهای 200 کتاب مقدسی، دیدگاه درونی واقعیت را که از عبادت برهمن ناشی می شود، توصیف می کند. اوپانیشادها آموزه های وداها را بیشتر توضیح می دهند. یوگا همچنین برخی از ویژگی های مشترک را نه تنها با هندوئیسم بلکه با بودیسم نیز دارد. سیذارتا گوتاما، بنیانگذار بودیسم، یوگا خواند و در سن 35 سالگی به روشنگری دست یافت.
بعدها، در حدود 500 سال قبل از میلاد، بهاگاواد گیتا یا آهنگ لرد ایجاد شد و در حال حاضر این قدیمی ترین کتاب مقدس شناخته شده یوگا است. یوگا سوترا، متشکل از 195 قصیده یا سوترا، توسط پاتانجلی در حدود قرن دوم نوشته شد و سعی داشت یوگا را در آن زمان طبقه بندی و یکنواخت کند. سپس یوگا در اوایل قرن نوزدهم در غرب معرفی شد. ابتدا به عنوان بخشی از فلسفه هندو مورد مطالعه قرار گرفت و به عنوان سیستمی برای سلامت و گیاهخواری آغاز شد. در طول دهه 1960، گوروهای هندو جزئیات بیشتری در مورد سیستم یوگا و فلسفه های آن ارائه کردند.